Apáthy István 1863. január 4-én született Pesten. 1885-ben megszerezte az orvosi oklevelet, s ugyanebben az évben jelent meg két dolgozata azokról a tapasztalatokról, amelyeket mint orvostanhallgató szerzett a klinikai kórtermekben. Érdeklődése az állattani tudományok irányába fordult, majd Margó Tivadar tanársegédje lett a zoológiai tanszéken (1885-86). Professzora tanácsára a piócafélék kutatásában törekedett a szövettani vizsgálati módszerek tökéletesítésére.

Kutatásait 1889-ig Nápolyban, a Stazione Zoologica-n folytatta. Darwinnal együtt vallotta, hogy az állatok származásáról szóló ismereteink hiányosak a tenger állatvilágának ismerete nélkül. 1888-ban jelent meg a "Magyarországi piócák faunája". Ez évben a budapesti egyetem zoológiai tanszékén magántanári képesítést nyert. 27 éves korában, 1890-ben a kolozsvári egyetem professzora, 1898-ban a <a href="http://www.mta.hu" target="blank" title="A Magyar Tudományos Akadémia honlapja"> Tudományos Akadémia </a>levelező tagja lett.

Apáthy fedezte fel a gyógyászatban is annyira fontos hirudint. Az első világháború alatt Apáthy Erdély kormánybiztosa volt, ezért a román királyi haditörvényszék börtönre ítélte, ahol majd szívbaját is szerezte. Szegedre költözött megszervezte az orvoskar szövettani tanszékét és megindította az egyetem tudományos szaklapját. A középiskolai oktatásban nagyobb teret kívánt biztosítani a természettudományoknak, ezért vett részt a Schneller-féle új középiskolai típus felállításának mozgalmában. A természettudományos műszavak írásáról is sok cikket közölt. 1922. szeptember 29-én fejezte be életét.