Apáthy István 1863. január 4-én született Pesten. 1885-ben megszerezte az orvosi oklevelet, s ugyanebben az évben jelent meg két dolgozata azokról a tapasztalatokról, amelyeket mint orvostanhallgató szerzett a klinikai kórtermekben. Érdeklődése az állattani tudományok irányába fordult, majd Margó Tivadar tanársegédje lett a zoológiai tanszéken (1885-86). Professzora tanácsára a piócafélék kutatásában törekedett a szövettani vizsgálati módszerek tökéletesítésére.
Kutatásait 1889-ig Nápolyban, a Stazione Zoologica-n folytatta. Darwinnal együtt vallotta, hogy az állatok származásáról szóló ismereteink hiányosak a tenger állatvilágának ismerete nélkül. 1888-ban jelent meg a "Magyarországi piócák faunája". Ez évben a budapesti egyetem zoológiai tanszékén magántanári képesítést nyert. 27 éves korában, 1890-ben a kolozsvári egyetem professzora, 1898-ban a Tudományos Akadémia levelező tagja lett.